Program Studi Farmasi UMM berdiri pada tahun 2006 melalui Surat Ijin Pendirian dari Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi (Dirjen Dikti) Departemen Pendidikan Nasional RI, Nomor: 1964/D/T/2006. Pendirian Program Studi Farmasi UMM mendapat rekomendasi dari Departemen Kesehatan Republik Indonesia Badan Pengembangan dan Pemberdayaan Sumber Daya Manusia Nomor: HK.03.2.4.1.023421 tertanggal 15 Mei 2006 dan dari Ikatan Sarjana Farmasi Indonesia (ISFI) No. 026/PP.ISFI/III/2006 tertanggal 27 Maret 2006. Sebagai program studi baru, Program Studi Farmasi UMM dibina oleh Fakultas Farmasi Universitas Airlangga Surabaya melalui MoU Nomor: 100/Jo3.1.20/PP/2006 dan E.5.c/359/BAA-UMM/V/2006 pada tanggal 12 Mei 2006. Pendirian Program Studi Farmasi ini didukung oleh para farmasis/apoteker di berbagai bidang kefarmasian.
Pada tahun 2018 Prodi Farmasi UMM telah terakreditasi B berdasarkan Keputusan LAM-PTKES No. 0050/LAM-PTKES/Akr/Sar/I/2018 dan sejak 15 Oktober 2009 menjadi Anggota Asosiasi Perguruan Tinggi Farmasi Indonesia (APTFI).